第9回北京-東京フォーラムは2013年に北京で開催された。同年は、中日平和友好条約の締結・発効から35年に当たり、双方が記念すべき年だったが、2012年の日本側の一連の行動による影響を大きく受けた。フォーラムも、両国関係の谷間を出発点とせざるを得なくなった。
フォーラムでは、双方の焦点はいずれも、急激に悪化した両国関係に集まった。政治とメディア、安全保障の分科会でも、参加ゲストの発言は、「釣魚島」「安倍首相」「軍事費」などのキーワードをめぐって行われた。分科会場の討論のムードはフォーラム設立以来、最も厳しいものとなった。両国関係の冷え込みは両国の経済・貿易協力にも影響した。参加ゲストはこの点にも注意を向け、「日中は大局から出発して両国の責任を考えなければならない」「中日は政治的な相互信頼の強化に目を向けなければならない」などと相次いで呼びかけた。
両国関係は谷間に落ち込んでいたものの、宮本アジア研究所代表で元中国大使、日中関係学会会長の宮本雄二氏や、株式会社大和総研理事長で元日本銀行副総裁の武藤敏郎氏、国際文化会館理事長で東京—北京フォーラム日本側執行委員長の明石康氏、麗沢大学教授で元内閣官方参与の松本健一氏ら日本側のゲストは、将来に対する楽観的な見方を示した。